Задолженность авиакомпании накапливалась в период 2011-2012 гг. Летом 2013 года в одном из Московских городских судов было вынесено решение об обязательстве компании по погашению долга, однако оно было обжаловано «Аэрофлотом». Сегодня в компании заявляют, что все долговые обязательства перед сотрудниками были погашены и никаких разбирательств в суде нет.
В феврале сотрудниками компании была организована акция протеста против задержания Алексея Шляпникова, являющегося исполнительным директором профсоюза летного состава аэропорта «Шереметьево», и вице-президента компании Валерия Пимошенко. Они обвинялись в вымогательстве у руководства «Аэрофлота» денег, якобы предлагая взамен снижения активности в борьбе за погашение задолженности. По мнению персонала компании, такие действия являются местью активистам за занятую ими позицию.